Post by account_disabled on Aug 1, 2023 0:39:37 GMT -5
评分和排名，并选择其中的前L个作候选功能 全尺寸图像 异构生物网络的构建 蛋白质-蛋白质相互作用网络 据观察，超过 70% 的蛋白质与其网络中的直接邻居一起执行至少一种功能 [ 16 ]。我们对酵母 PPI 数据进行统计分析，观察到 21.3% 的蛋白质与其直接邻居没有共享功能，并且它们与一些 2 级邻居显示出巨大的功能相似性。在本文中，我们从两个不同的水平评估蛋白质与其邻居之间的
功能相似性。给定一个蛋白质u，S 1和 S 2分别表示u的直接邻居和二级邻居的集合。我们将除u之外的所有蛋白质分为四类：直接邻居，也是 2 级邻居（即 S1 ∩ S 2 )、非 2 级邻居的直接邻居（即 S 1 -S 2）、非直接亚洲手机号码列表邻居的 2 级邻居（即 S 2 -S 1）以及非直接邻居或级别的蛋白质-2 个邻居（即S1∪S）。本文在基于网络拓扑的功能分析中采用参数α（0 < α < 1）来评估直接邻居的重要性。因此，集合S 1 -S 2和u的节点之间的功能
相似性被定义为α。特别地，如果一个蛋白质同时出现在S 1和S 2 (S 1 ∩ S 2 )中，则认为它与u有必要的功能关联，并且它们之间的功能相似性被设置为1。因此，集合S 2 -S 1和u中的节点之间的功能相似性被分配为1 − α。给定一个蛋白质v在网络中，基于PPI网络局部拓扑的u和v之间的功能相似性可以定义如下,如果_v ∈S1∩S2如果_v ∈S1-S2如果_v ∈S2-S1否则1) 图 2说明了这四组蛋白质对。我们能够